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विवादों ए दाऊद इब्राहिम ने दी धमकी
9 दिसंबर, 2015 को एक नीलामी कार्यक्रम में स्वामी ने रु. 32,000 रुपये में एक कार खरीदी जिसका इस्तेमाल कभी भारतीय गैंगस्टर दाऊद इब्राहिम करता था। शुरुआत में उन्होंने कार को एम्बुलेंस के रूप में इस्तेमाल करने के बारे में सोचा, लेकिन जब दाऊद इब्राहिम की डी-कंपनी ने उन्हें धमकी दी, तो उन्होंने शौचालय बनाने के लिए कार के पुर्जों का इस्तेमाल करने का फैसला किया। जैसे ही उन्होंने सार्वजनिक रूप से यह कहा, उन्हें डी-कंपनी से धमकी भरे फोन आने लगे। 24 दिसंबर 2015 को उसने एक सार्वजनिक स्थान पर डेविड के पोस्टर वाली एक कार में आग लगा दी।
दाऊद इब्राहिम की गाड़ी जला रहे स्वामी चक्रपाणि

केरल बाढ़ पर विवादित बयान
2018 में केरल बाढ़ के बीच स्वामी ने विवादित बयान दिया था। एक साक्षात्कार में उन्होंने कहा,
“मैं केरल में भी मदद की अपील कर रहा हूं। लेकिन प्रकृति और जानवरों का सम्मान करने वालों की मदद की जानी चाहिए। जब ​​केरल के लोगों के लिए रोटी उपलब्ध थी, तो वे इसका मांस खाने के लिए गायों का वध करते थे। इसलिए, मेरा मतलब है कि हिंदुओं को उन लोगों की मदद करनी चाहिए जो बीफ से परहेज करें, जो जानबूझकर बीफ खाकर हिंदू धर्म को चोट पहुंचाने की कोशिश कर रहे हैं और सड़क पर उसका वध कर रहे हैं, उन्हें माफ नहीं किया जाना चाहिए, बीफ खाने वालों को कोई मदद नहीं मिलनी चाहिए। अगर उन्हें प्रदान किया जाएगा। मदद के लिए, उन्हें हस्ताक्षर करने के लिए कहा जाना चाहिए एक प्रतिज्ञा है कि वे भविष्य में कभी भी बीफ नहीं खाएंगे।”
समाज के कुछ वर्गों को उनका यह बयान पसंद नहीं आया और बाद में किसी ने हिंदू महासभा की आधिकारिक वेबसाइट को हैक कर वेबसाइट पर मसालेदार बीफ करी की रेसिपी अपलोड कर दी.

नकली बाबाओं में सूचीबद्ध
2018 में, उन पर रुपये का जुर्माना लगाया गया था। 11 करोड़ का मानहानि नोटिस भेजा गया था.

COVID-19 के लिए गोमूत्र पार्टी
जब 2020 में देश में कोरोना वायरस की महामारी आई तो स्वामी ने मीडिया में कहा कि कोरोनावायरस मांसाहारियों को दंडित करने के लिए एक अवतार है। एक समाधान के रूप में, उन्होंने सुझाव दिया कि लोग गौमूत्र (गौमूत्र) पीते हैं, और बाद में, उन्होंने एक गौमूत्र पार्टी का आयोजन किया जिसमें बड़ी संख्या में लोगों ने भाग लिया। उनके कृत्य के लिए, कुछ ने उनका उपहास किया, और कुछ ने महामारी के प्रति उनके लंगड़े रवैये के लिए उनकी आलोचना की।
स्वामी चक्रपाणि की गौमूत्र पार्टी का पोस्टर